2011年国家税务总局下发了《关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第13号）和《关于纳税人资产重组有关营业税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第51号）对企业重组中的营业税、增值税问题给予了明确，而企业重组中的土地增值税处理则与营业税、增值税有所不同，本文试对于企业重组中的几种类型分析如下。
股权收购
股权转让是股东间交易，被收购企业并不涉及房屋产权和土地使用权转让，单纯的股权转让是不征收土地增值税的。而对于特殊的以转让房地产为盈利目的股权转让是否征收土地增值税则应予以重视。《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函[2000]687号）规定，你局《关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的请示》 （桂地税报[2000]32 号）收悉。鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100 %的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。《安徽省地方税务局关于对股权转让如何征收土地增值税问题的批复》（皖地税政三字[1996]367号）规定，你局《关于省旅游开发中心转让部分股权如何计征土地增值税的请示》（黄地税一字[1996]第136号）悉。经研究，并请示国家税务总局，现批复如下：据了解，目前股权转让（包括房屋产权和土地使用权转让）情况较为复杂。其中，对投资联营一方由于经营状况等原因而中止联营关系，正常撤资的，其股权转让行为，暂不征收土地增值税；对以转让房地产为盈利目的的股权转让，应按规定征收土地增值税。因此，你局请示中的省旅游开发中心的股权转让，可按上述原则前款进行确定。
从以上文件可以看出，第一，这是对股东以转让股权名义转让房地产行为税收筹划的一种封堵措施。那么这里土地增值税的纳税人是以转让股权名义转让房地产行为的股东，而不是拥有土地使用权的被收购企业；第二，股权转让以转让房地产为盈利目的，征收土地增值税。如何判断股权转让是否以转让房地产为盈利目，从文件规定看有两点：其一，判断被收购企业的资产是否主要是土地使用权、地上建筑物及附着物；其二，股东的转让股权比例。国税函 [2000]687号只是对个案的批复，股权转让情况较为复杂，上述的原则性规定难以参照。实务中以转让房地产为盈利目的股权转让征收土地增值税的政策有待明确。
企业合并
财政部、国家税务总局《关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）第三条规定，在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中的，暂免征收土地增值税。
1989年国家体改委、国家计委、财政部、国家国有资产管理局发布的《关于企业兼并的暂行办法》规定，本办法所称企业兼并，是指一个企业购买其他企业的产权，使其他企业失去法人资格或改变法人实体的一种行为，不通过购买方式实行的企业之间的合并，不属本办法规范。1996年财政部颁布的《企业兼并有关财务问题暂行规定》对此进行了修正，认为兼并是指“一个企业通过购买等有偿方式取得其他企业的产权，使其丧失法人资格或虽然保留法人资格但改变投资主体的一种行为。”该文由《财政部关于公布废止和失效的财政规章和规范性文件目录（第十批）的决定》（2008财政部令第48号）归于失效。《国务院关于促进企业兼并重组的意见》（国发[2010]27号）文中也没有给出兼并的定义，但从其内容看兼并重组包括合并和股权、资产收购等多种形式。因此，从严格的法律意义上说，兼并并不是一个具有严密逻辑的法律概念，和财税字[1995]48号文件中的兼并不是同一概念。比如一般的股权收购实现的兼并，不涉及房产土地的权属转移，不是土地增值税的征收范围，也谈不上免征的问题。《公司法》第一百八十四条规定，公司合并可以采取吸收合并和新设合并两种形式。一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。二个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。被合并企业的法人资格消灭。因此，财税字[1995]48号文件企业兼并应当是公司法中的企业合并。
对合并企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。这里对于将上述房地产再转让会涉及土地增值税的扣除问题。合并企业将上述房地产再转让多为旧房，而旧房的土地成本扣除是按土地使用权所支付的地价款确定。笔者观点为，兼并企业将上述房地产再转让所扣除的地价是兼并企业取得被兼并企业的地价，而不是被兼并企业购置的土地使用权的地价。被兼并企业将房地产转让到兼并企业时，暂免征收土地增值税，不能因为兼并企业将上述房地产再转让而征收已经免征的部分。
资产收购
资产收购，公司法中没有规定，财税[2009]59号文件给出的定义是，资产收购，是指一家企业（受让企业）购买另一家企业（转让企业）实质经营性资产的交易。资产收购和企业合并不同，企业合并后被合并企业的法人资格消灭，资产收购不论是部分资产收购还是整体资产收购，被收购企业法人资格仍然保留。资产收购不是财税字[1995]48号文件中所说的企业兼并。因此，被收购企业将房地产转让到收购企业中的，应按规定征收土地增值税。
企业分立
公司分立主要是指将一家公司分成两个以上具有相互独立的法律地位而互不具有股权连接关系的公司。企业分立过程中，可能涉及房产、土地的分割。
《土地增值税暂行条例》（国务院令[1993]第138号）第二条规定，转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税。《土地增值税暂行条例实施细则》（财法字[1995]第6号）第五条对收入作出明确，即转让房地产的全部价款及有关的经济收益。土地增值税是对企业转让土地及地上建筑及附着物时所实现的增值额进行征税。企业分立过程中，对房产、土地的分割，被分立公司未取得相应的收入和其他经济利益，也没有实现土地转让增值额。因此，企业分立对房产、土地的分割不是土地增值税的征税范围，无须缴纳土地增值税。
