“自行清算、税务审核”是土地增值税征管的一条基本原则。土地增值税自行清算工作对绝大多数房地产开发企业来说并不陌生，但实际却没有执行到位，没能把握好土地增值税自行清算机会，使本应能够发现补充和完善的涉税事项得不到及时有效地弥补，因此给企业造成了不必要的涉税风险。
案例
1.某房地产开发企业开发一商品住宅，2012年底验收合格并交付购房者，该年度已售面积达总可售面积85%以上。2014年6月，税务机关通知该企业进行清算，同年10月，该企业向税务机关报送了清算报告和相关资料。税务机关在清算审核工作中，重点对该企业建筑合同、结（决）算及所取得的发票进行审核，发现该企业的发票中有3000多万元的建安发票属跨地区开具的发票。对此，税务机关作出了该事项不得在成本中扣除并补缴土地增值税的处理意见。
2.某房地产开发企业开发一商品住宅，2012年底经验收合格并交付购房者，该年度已售面积达总可售面积90%，剩余未售产品属于可售车位。企业在年度所得税汇算中，其计税收入、计税成本均已按规定进行了核算并据实进行了结转。2013年6月税务机关通知企业进行清算，同年10月，企业向税务机关报送了清算报告和相关资料。经税务机关审核后，应补缴土地增值税3000多万元。由于后期无开发项目，该企业要求将应补缴的税款分配到前期结算收入的年度进行处理，补缴土地增值税，退回由此多缴的企业所得税。税务机关则根据相关规定，对该企业提出的税款分摊及补退税意见不予采纳。
分析
1.无论是“应清算”还是“可清算”项目的清算，税务机关都依法给予了90日内的自行清算时间。
2.纵观土地增值税各项规定，在扣除项目的认定上，“实际发生”与“合法凭证”是土地增值税扣除项目认定的底线。也就是说，企业实际发生但未取得合法凭证或取得不符合规定的凭证也不得作为扣除项目扣除。
3.由于土地增值税清算时点与企业所得税年度汇算时间差异而造成多缴企业所得税问题，《国家税务总局关于房地产开发企业注销前有关企业所得税处理问题的公告》（国家税务总局2010年第29号公告）有专门的处理规定，即企业在注销清算时再根据其具体情况进行处理。
上述两个案例其实很简单，在案例1中，如果企业自行清算时认真负责，对不合规发票及时主动与施工企业沟通协调是能够纠正和完善的。在日常土地增值税清算审核实务中，一些细小金额的调整事项，就有可能带来较大的税负影响。如果企业花较大的代价来换取不应该发生的教训，是不值得的。案例2也是一简单涉税事项。因为产品不可能在短期内销售完成，有些产品销售长达几年甚至十多年，要想在短期内注销企业谈何容易。所以企业应充分利用好相关税收政策，结合企业经营战略和发展目标，规划好土地增值税自行清算时点并主动开展自行清算工作。
建议
房地产开发企业如何规避风险，建议采取以下措施。
1.全面准确掌握行业相关税收政策
从目前税收政策上来看，对土地增值税计算的分期标准、“应清算”和“可清算”条件及征管处理、各项扣除项目审核重点及税务处理等都有具体的规定，也是税企双方实际业务操作的执行准则。因此，房地产企业必须全面了解、掌握并正确运用，才能有利于维护企业的合法利益。
2.土地增值税自行清算工作不可小视
土地增值税自行清算，是对清算项目进行全面、系统、深入地清查和剖析，起到查缺补漏、自我纠正、自我完善的作用。由于土地增值税清算所涉及的资料较多，跨度时间长，且分散在企业内设的不同部门，比如销售合同、销售明细等在企业的销售部，工程合同、工程预决算等在企业的工程部等等，而税务机关在进行土地增值税清算审核时，重点对房地产开发各环节所涉及的各类原始资料的审核。因此，在自行清算中，要看项目分期是否符合税务机关公布的标准；收入是否按财务、税收的相关规定处理，特别是视同销售的处理；各项开发成本、费用是否按规定归集、分配；建筑、设备、土地等各类合同是否齐全，结（决）算是否办理、款项是否实际支付、应当取得的发票是否取得、所取得的发票是否合规等。税务机关给予了企业纠正、补充和完善相关涉税事项的时间和机会，避免了在土地增值税清算审核时不予认可的情况。
3.充分把握和利用好自行清算机会
首先，不管企业经营情况及发展战略如何，凡企业开发项目达到“可清算”情形时，税务机关是否通知清算，都应当积极主动地开展自行清算工作，及时纠正和处理土地增值税自行清算中发现的问题。
其次，就企业经营情况和发展战略而言，如果后期有开发项目，则自行清算的结果一方面用于及时纠正和处理自行清算中发现的问题，另一方面用于企业内部决策作参考，将该项目形成的自行清算应缴纳的土地增值税款临时占用，这是一种无息资金来源，有利于发挥资金的最大效益，待税务机关通知清算时，企业再按规定进行清算缴纳。
最后，如果后期无开发项目，且在可预见的期间内不再从事房地产开发活动，也不会有较大的收入来维持企业日常的经营活动，那么，土地增值税自行清算的时点就应当在销售达85%以上，且会计、税收政策规定应当确定计税收入、正确核算并结转计税成本的当年，不管税务机关是否通知清算都必须自行清算，将自行清算时应缴纳的土地增值税款计入当期损益在所得税前扣除，避免因企业短期内无法注销，而造成资金被企业所得税税款长期占用情况。
