耕地占用税的税收征管与国家土地、森林、草原管理以及土壤污染防治等紧密相关。为健全税收保障机制，切实提高税收共治水平，财政部、税务总局、自然资源部、农业农村部以及生态环境部五部委联合制发了《中华人民共和国耕地占用税法实施办法》，其中明确规定各地政府应建立健全耕地占用税部门协作和信息交换工作机制。对于发生占地行为未申报的，或者申报数据资料异常，占地方式、占地时间以及占地面积等计税要素无法确认的，由税务机关提请相关部门按照职责权限，对涉税事项进行复核认定。