解析：《城镇土地使用税暂行条例》（国务院令第483 号）第二条规定，在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人，为城镇土地使用税（简称土地使用税）的纳税人，应当依照本条例的规定缴纳土地使用税。前款所称单位，包括国有企业、集体企业、私营企业、股份制企业、外商投资企业、外国企业以及其他企业和事业单位、社会团体、国家机关、军队以及其他单位；所称个人，包括个体工商户以及其他个人。

财税[2006]56号 财政部、国家税务总局 关于集体土地城镇土地使用税有关政策的通知规定：在城镇土地使用税征税范围内实际使用应税集体所有建设用地、但未办理土地使用权流转手续的，由实际使用集体土地的单位和个人按规定缴纳城镇土地使用税。

本通知自2006年5月1日起执行，此前凡与本通知不一致的政策规定一律以本通知为准。

因此，公司使用集体所有建设用地，但未办理土地使用权流转手续的，应按规定缴纳城镇土地使用税。

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