答：可以，只要企业没有主动申请总分机构汇总申报纳税，且经财政部和国家税务总局或者其授权的财政和税务机关批准，总分机构应该分别应当向其机构所在地或者居住地主管税务机关申报纳税。

在分别为增值税纳税人的情况下，可以依照现有的增值税政策规定，只要没有超过增值税纳税人一般标准的（年销售额或连续12个月销售额超过500万元），可以申请或保留小规模纳税人，当然也可以主动申请为一般纳税人，彼此之间小规模纳税人和一般纳税人不受影响。在判断总公司的销售额是否超过500万元时，不包括分公司的销售额。

政策依据：

1、《增值税暂行条例》第二十二条第一款；

2、财税（2016）36号文附件1第四十六条第一款。

（一）固定业户应当向其机构所在地或者居住地主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经财政部和国家税务总局或者其授权的财政和税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。