答：一、根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）规定，第一条土地增值税的清算单位土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。二、土地增值税的清算条件(一)符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：1.房地产开发项目全部竣工、完成销售的;2.整体转让未竣工决算房地产开发项目的;3.直接转让土地使用权的。(二)符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的;2.取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的;3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的;4.省税务机关规定的其他情况。三、非直接销售和自用房地产的收入确定(一)房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产,其收入按下列方法和顺序确认：1.按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定;2.由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。……

二、根据《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》(国税发〔2009〕91号)第二十一条规定，……（五）纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采用合理的分配方法，分摊共同的成本费用，采取相同的会计政策或处理方法。会计核算与税务处理规定不一致的，以税务处理规定为准。

三、根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）第一条规定，关于土地增值税清算时收入确认的问题土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。……六、关于拆迁安置土地增值税计算问题（一）房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按……（国税发〔2006〕187号）第三条第（一）款规定确认收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。（二）开发企业采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值按国税发〔2006〕187号第三条第（一）款的规定计算，计入本项目的拆迁补偿费；异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。（三）货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。

因此，根据上述文件规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。如您单位安置房和商品房符合上述土地增值税的清算条件的，应进行土地增值税清算。关于拆迁安置土地增值税建议您参考国税函〔2010〕220号规定确认安置房收入。具体涉税事宜您可联系主管税务机关进一步确认。