实务中，自然人股权变更很多地方都是“先税务后工商”，而纳税人在缴纳个人所得税后，因各种原因股权交易失败。对因股权转让失败的情况下，纳税人已缴纳的个人所得税是否应当退还？

根据《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》（国税函[2005]130号）的规定，股权转让款被退还的情况下已纳税款是否应予以退还，需要根据合同是否履行完毕、股权是否完成工商变更登记、转让人是否收到过股权转让款这3大要素来进行判断：

一是若股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，则转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。

二是若股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据《个人所得税法》和《税收征管法》的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。所以，对已缴纳的个人所得税应当退还。

延伸：对依法退还的个人所得税是否应当计算退税利息？《税收征管法》第五十一条规定：纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起3年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还。“《税收征收管理法实施细则》第七十八条规定：税务机关发现纳税人多缴税款的，应当自发现之日起10日内办理退还手续；纳税人发现多缴税款，要求退还的，税务机关应当自接到纳税人退还申请之日起30日内查实并办理退还手续。税收征管法第五十一条规定的加算银行同期存款利息的多缴税款退税，不包括依法预缴税款形成的结算退税，出口退税和各种减免退税。退税利息按照税务机关办理退税手续当天中国人民银行规定的活期存款利率计算。

按照个人所得税的规定，股权转让是已完成股权变更登记，并以转让方已实际收到股权转让价款时为个人转让股权的个人所得税纳税义务发生时间。但税务机关完全是为了便于防止税收流失，实行“先税务后工商”，在未办理股权登记，甚至于转让方尚未收到股权转让款，即尚未发生个人所得税纳税义务之前就已先征收了个人所得税，但最终并未个人所得税并未实现，由此提前征收的个人所得税应当计算退税利息。