根据《城镇土地使用税暂行条例》规定，在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人，为城镇土地使用税（以下简称土地使用税）的纳税义务人，应当依照本条例的规定缴纳土地使用税。前款所称单位，包括国有企业、集体企业、私营企业、股份制企业、外商投资企业、外国企业以及其他企业和事业单位、社会团体、国家机关、军队以及其他单位；所称个人，包括个体工商户以及其他个人。国税地字[1988]15号给予个人所有的居住房屋及院落用地免征土地使用税政策，而商铺并没有相应的优惠政策，因此个人持有商铺，需要交纳城镇土地使用税。具体交纳时间遵循国税2003年89号文规定：(一)购置新建商品房，自房屋交付使用之次月起计征房产税和城镇土地使用税。(二)购置存量房，自办理房屋权属转移、变更登记手续，房地产权属登记机关签发房屋权属证书之次月起计征房产税和城镇土地使用税。

土地使用税的计税办法是实际使用土地面积乘以单位面积税率，计算土地使用税时必须要知道实际占用的土地面积。下面这种房产证（或者不动产证）包含占用土地面积，或者在“权利其他状态栏”备注分摊土地面积的，可以直接乘以单位税率计算。

但是也有一些房产证（或者不动产证）给出了共用的土地面积和本户型房屋建筑面积。如果不能确定共用该土地的房屋总建筑面积，也无法计算出本户型应该分摊的土地面积，会给土地使用税征收带来困扰，例如下面这种情况。

也有一些房产证（或者不动产证），只有房屋的建筑面积，没有任何土地信息，这种情况下如何征收土地使用税，无疑是一个非常大的难题。如下图：

总之，个人持有商铺需要交纳城镇土地使用税，但是由于房产证（或者不动产证）信息格式不统一，给纳税人的申报和税务机关的征管工作带来了一些困难，这需要有关部门制定政策予以统一。实务中遇到无法取得实际占用土地面积的情况，建议书面请示主管税务机关寻求解决办法。