土地使用权转让有以下四种方式，现将每种方式涉税情况总结如下：
01
直接转让法
直接转让土地使用权是最简单的一种操作方式，在转让过程中，转让方涉及的主要税种有以下三个(其他小税种暂不考虑)：
1.增值税
根据财税2016年47号文件规定，营改增前取得的土地使用权，可以选择简易计税方式，以取得的全部价款和价外费用减去取得该土地使用权原价后的余额为销售额，按照5%征收率计算缴纳增值税;
如果是销售营改增后取得的土地使用权，按照财税2016年36号文件规定，按照9%缴纳增值税。
2.土地增值税
按照《土地增值税暂行条例》规定，转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人，应当依照本条例缴纳土地增值税。
因为这里的土地并未开始施工，在计算土地增值税时，只能以转让价减去购置时的原价及附加税后的金额做为增值额，按照30%-60%的适用税率，计算缴纳土增税。
3.企业所得税
企业因转让土地使用权而产生转让收入减去购置成本及相关税费后的余额，应并入企业应纳税所额，按照25%税率(或企业享受的优惠税率)计算缴纳企业所得税。
02
投资超过25%后，作为在建项目转
投资超过25%，作为在建项目转让，转让方涉及的主要税种也有以下三个：
1.增值税
根据国税2016年14号公告规定，销售营改增前开工的在建项目，可以适用简易计税方法按照5%的征收率计税，以取得的全部价款和价外费用为销售额，不能扣除对应的土地价款;
如果是销售营改增后开工的在建项目，适用一般计税方法，按照取得的全部价款和价外费用，扣除对应的土地价款后的余额为销售额，按照9%缴纳增值税。
2.土地增值税
投资超过25%，在建项目转让，土地成本及开发成本可以加计扣除。
3.企业所得税
企业因转让土地使用权而产生转让收入减去购置成本及相关税费后的余额，应并入企业应纳税所额，按照25%税率(或企业享受的优惠税率)计算缴纳企业所得税。
03
将土地使用权转让转化为公司股权转让
由于双方直接进行公司股权转让，土地使用权不用过户，也未发生土地使用权的转移，因此转让方不需要缴纳转移过程中的增值税及土地增值税。股东涉及印花税和所得税。
1.印花税
因为印花税属于行为税，发生股权转让行为，法人股东或自然人股东都应按股权转让金额的万分之五交纳产权转移书据的印花税。
2.所得税
如果转让方是法人股东，需要按股权转让收入减去股权原值及合理费用后的余额，并入企业应纳税所得额，按照25%税率(或企业享受的优惠税率)计算缴纳企业所得税;
如果转让方是自然人股东，则需要按股权转让收入减去股权原值及合理费用后的余额为应纳税所得额，按财产转让所得缴纳20%个人所得税。该部分个人所得税代扣代缴义务人为股权款的支付方。
总结：
通过以上分析，方式一直接转让土地使用权，操作简单，但根据《城市房地产管理法》第三十八条规定，因未完成开发投资总额的25%以上，土地过户会受到阻碍。
方式二投资超过25%后，作为在建项目转让，自然不存在土地过户的问题，但这里需要考虑的是，投资额由哪一方来出资。转让方需要考虑的是资金能否满足以及后续开发问题，而受让方如果投资25%后取得在建项目，因在这个投资过程中，土地使用权还不属于受让方，投资的风险需要提前通过协议或者约定做好规划，以免受损。当然，由于进行了投资，导致转让过程中税负的增减变动也是双方谈判的重要筹码。
方式三将土地使用权转让转化为公司股权转让的方式，由于暂时回避了土地使用权转让的各种税收，因此获得了众多房地产企业的青睐，但是也存在一定的局限性，比如：公司如果有多个开发项目，不适用于股权转让方式；如果股权转让收入明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可以核定股权转让收入。
实务中，部分企业采用以下第四种方式操作：
04
企业将土地投资装入全资子公司，然后转让全资子公司股权
第一步：公司将土地投资装入全资子公司，涉及的主要税种有以下三个：
1.增值税
按照财税〔2016〕36号文附件一规定，销售服务、无形资产或者不动产，是指有偿提供服务、有偿转让无形资产或者不动产，有偿，是指取得货币、货物或者其他经济利益。
母公司以土地投资入股子公司，取得子公司股权，属于取得其他经济利益的情形，因此，母公司以土地向子公司投资入股需要缴纳增值税。
2.土地增值税
根据《土地增值税暂行条例实施细则》规定，转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入，是指以出售或者其他方式有偿转让房地产的行为。
母公司以土地投资入股子公司，取得子公司股权，属于以其他方式有偿转让房地产的行为。因此母公司以土地投资入股，取得子公司股权，需要计算缴纳土地增值税。
3.企业所得税
按照财税〔2014〕109号第三条之规定，对100%直接控制的居民企业之间，以及受同一或相同多家居民企业100%直接控制的居民企业之间按账面净值划转股权或资产，凡具有合理商业目的、不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的，股权或资产划转后连续12个月内不改变被划转股权或资产原来实质性经营活动，且划出方企业和划入方企业均未在会计上确认损益的，可以选择按以下规定进行特殊性税务处理：1、划出方企业和划入方企业均不确认所得;2、划入方企业取得被划转股权或资产的计税基础，以被划转股权或资产的原账面净值确定;3、划入方企业取得的被划转资产，应按其原账面净值计算折旧扣除。
因此，符合上述条件的，按照母公司对子公司的投资处理，双方不确认所得，不缴纳企业所得税。不满足上述条件的，母公司需要计算缴纳企业所得税。
第二步：公司将土地投资装入全资子公司后，转让全资子公司股权，如同上述转让方式三所述，股东涉及所得税和印花税，这里不在赘述。
这种将土地投资装入全资子公司，然后转让全资子公司股权的方式，由于投资双方为母子公司，投资额可以在不失公允的条件下，尽可能的缩小增值额，从而降低各种税负。但由于这里不仅涉及投资转让，还涉及后续的子公司股权转让，过程中如果处理不慎，也会带来极大的风险。
