在工程结算中，往往会存在着很多扣款，比如罚款、违约金、总包扣下的水电费、提前付款而给予的各种奖励，这么扣款和折扣要不要开具发票呢？财务税务该怎么处理呢？看看肖博士如何讲解的：

1、 建设单位从施工总承包工程款中扣下的罚款和违约金，对建设单位而言，不向施工总承包单位开具发票；对施工总承包单位而言，不能扣除违约金、罚款后的金额开票，必须全额向建设单位开票。施工总承包方企业所得税前扣除罚款、违约金的法律资料是建设单位负责人在建设工程项目上签字确认的违约罚款签证单；

2、 施工总承包方从专业分包方或劳务公司工程进度款中扣下的罚款和违约金，对施工总承包方而言，不开发票，对于施工专业分包方或劳务公司而言，全额开票给施工总承包方，不能按扣除罚款和违约金后的金额向施工总承包方开票。专业分包方或劳务公司凭施工总承包方签字确认的违约罚款签证单在企业所得税税前扣除。

3、 施工总承包方从专业分包方的工程款中扣下的配合费、协调费，对施工总承包方而言，必须按照“商业辅助服务—企业管理服务“开具6%的发票给专业分包方；对专业分包方而言，必须全额开票给施工总承包方，不能按扣除配合费、协调费后的差额部分给施工总承包方。

4、 发包方从承包方的工程款扣下的水电费，必须按甲供材合同进行开票处理：承包方按扣除水电费金额的工程结算金额签订工程结算书，并且按照扣除水电费的结算金额向发包方开具发票，承包方垫支支付的水电费在财务上做往来款处理，水电费发票交给包方入成本。

5、 为鼓励发包方及时或提前支付工程款而给予的现金折扣，在财务上做“财务费用“处理，对发包方而方不开票，对承包方而言，在企业所得税前扣除财务费用，必须提供以下法律证据资料：

（1） 施工方或承包方提供财务部印发的盖有“财务专用章”的为鼓励及时、提前支付工程款的通知。

（2） 财务部自制的内部凭证:现金折扣计算单。