“专精特新”企业处于高速成长期，承担培育上下游配套产业链的职能。国家税务总局常州市税务局在走访调研当地“专精特新”企业时发现，有的企业在与上下游企业衔接过程中忽视了涉税管理工作，存在一些潜在风险，可能对后续发展产生不利影响。

风险点一：接受异常（虚开）发票风险

2022年7月，常州市税务局收到上级推送的增值税异常发票处置任务，对包含“专精特新”企业A公司在内的相关纳税人，发送了风险提示信息。

A公司是紧固件制造企业，2021年根据客户需求，开发新产品紧固件的配套垫圈。由于原供应商均无模具生产资质，A公司采购部门通过互联网电商渠道找到一家符合要求的外省模具加工单位。该模具加工单位派员送货上门，完成模具组装和调试后，要求现金收取货款15.7万元，A公司当月取得增值税专用发票后抵扣入账。2022年6月，因模具加工单位走逃失联，且未缴纳相关税款，该发票被其主管税务机关认定为异常增值税扣税凭证。

由于A公司无法与该模具加工单位取得联系，也无法提供非现金转账凭证，不符合换开发票和企业所得税税前扣除要求，最终处理结果为增值税进项税额全额转出、企业所得税成本调整并加收滞纳金。

“专精特新”企业一般有较为成熟和稳定的上游供应商，但在拓展市场和开发新产品时，必然会引进新的上游供应商。在引入上游新供应商时，首先要防范的涉税风险即为收受发票风险，尤其要防范新供应商要求现金支付的情况，防止因收到异常发票或虚开发票给企业造成重大损失。建议“专精特新”企业，严格审核新供应商的纳税信用资质。涉及重大业务决策的，最好事先实地考察，最大限度防范取得虚开发票风险。

风险点二：以暂估成本税前扣除风险

2022年5月，常州市税务局对“专精特新”企业B公司开展风险应对。税务人员在检查中发现，B公司2020年度取得上游发票的金额，显著小于当年度营业成本，可能存在多结转营业成本的情况。

B公司是一家光伏连接器生产企业，受益于常州“新能源之都”建设规划，2017年—2019年经营业绩显著提升。为扩大生产规模，B公司投入大量资金购入土地、建设新厂区。2020年，受新冠疫情等因素影响，下游客户回款周期拉长，B公司运营资金严重不足，拖欠某上游供应商2020年9月—12月货款470万元，直至2021年9月才支付完毕。该上游供应商在收取货款后，向其开具了发票。B公司财务人员在拖欠货款期间，根据物料入库单，按照暂估价值计入存货暂估科目并结转成本。2020年度企业所得税汇算清缴时，也未进行成本调整。经税务人员审核，B公司应调增2020年度企业所得税应纳税所得额470万元，补缴企业所得税并缴纳滞纳金。

部分“专精特新”企业处在成长初期，由于固定资产投资较多导致运营资金不足，拉长部分供应商的付款账期。如果供应商要求先付款后开发票，必然导致购入材料需要暂估入账，在涉及跨年度支付货款时，容易发生暂估成本未按要求纳税调整的涉税风险。

建议“专精特新”企业的财务人员，在企业所得税年度汇算清缴时，关注营业成本中是否包含暂估材料。如果在汇算清缴结束前未取得相应发票，应先按规定进行纳税调整。在取得发票后，再更正相应年度企业所得税申报表。必要情况下，可以委托涉税专业服务机构在汇算清缴前开展审计，依托外部专业力量防范此类风险。

风险点三：超比例佣金支出风险

2022年10月，常州市税务局对“专精特新”企业C公司开展风险应对。税务人员在检查中发现，2018年度—2020年度，C公司接受了多家单位开具的咨询服务发票，金额超过营业收入比重的15%。对此，企业财务总监解释称，C公司是环保检测设备生产企业，客户目标群体主要是各地环保管理部门和大学实验室。为开拓市场并提升客户满意度，C公司按省级行政区域划分，与当地合作单位签订独家委托服务协议，由其负责客户开发和售前服务，服务费约定为销售收入的15%~20%。

税务部门在核查过程中发现，C公司无法提供相关单位的客户走访记录、售前服务记录。经过多轮约谈调查，C公司最终承认，上述费用实际为销售佣金。原来，由于销售佣金总额超过了法定税前扣除比例，C公司将居间服务合同改为咨询服务合同。最终，C公司将超过销售收入5%部分的销售佣金进行纳税调整，补缴2018年度—2020年度企业所得税，并缴纳了滞纳金。

部分“专精特新”企业由于行业惯例等，需要支付较高比例的销售佣金。根据《财政部 国家税务总局关于企业手续费及佣金支出税前扣除政策的通知》（财税〔2009〕29号）的规定，一般企业销售佣金的税前扣除限额为所签订服务协议或合同确认的收入金额的5%。为了多在税前扣除销售佣金，一些“专精特新”企业可能会通过变更合同内容和发票品名等方式实现形式上的合规。但是，由于实际业务和合同内容不一致，企业仍会因无法提供实际业务资料，被税务机关发现上述违规操作，很可能需要补缴税款并缴纳滞纳金，纳税信用也可能受到影响。

风险点四：关联交易涉税风险

“专精特新”企业D公司是某新能源电池集团设立的全资子公司，生产车用电池支架。2023年4月，常州市税务局对D公司开展风险应对时发现，该公司销售业务中的60%，是与母公司的关联交易。税务人员分析D公司开票信息后发现，每年12月，D公司会集中向其母公司开具一批零部件销售发票，但其他月份却从未有过零部件销售发票，增值税纳税申报中也没体现未开票收入。

D公司财务人员自查后表示，这些零部件主要用于产品的售后维修。母公司会根据库存结余情况，向D公司发送动态订货通知。D公司发出零部件后，先计入“发出商品”科目，等到年末母公司发出结算指令后，统一向其开具发票。D公司未按规定确认增值税和企业所得税纳税义务发生时间，应对发出零部件的收入重新进行确认和更正申报。

“专精特新”企业通常具备成为行业领头羊的潜力，出于拓展业务范围的需求，往往会组建集团企业并实施大量关联交易。企业集团各成员间的关联交易，一般由集团管理层统一调配，可能出现以管理指令代替交易合同的情况。

与跨境关联交易不同，境内关联交易不需要进出口票据和报关单等外部监管单据。因此，在后续的涉税处理中，一旦出现交易和申报时点不一致，又缺乏合同佐证的情况，很有可能需要对未及时确认和申报收入情况进行调整。

实务中，“专精特新”企业在开展关联交易时，应注重对合同等形式要件的管理。企业财务人员也要做好关联交易的跟踪管理，准确把握增值税和企业所得税的纳税义务发生时间，避免出现因合同缺失导致纳税义务发生时间与交易时间错位的情况。