当前我国实行分类与综合相结合的个人所得税申报制度，其中个人经营所得（含个体工商户业主、个人独资企业投资者、合伙企业个人合伙人、承包承租经营者个人以及其他从事生产、经营活动的个人取得经营所得）与个人综合所得（含工资薪金、劳务报酬、稿酬、特许权使用费）属于不同的所得分类，实行分开申报的制度。但在实际操作中，这两类所得由于存在内在联系（政策规定、系统设定等），无法做到完全分开处理。客观上存在申报顺序，在当前系统设定前提下，如果申报顺序不对，可能存在无法很快完成申报，会遇到一些麻烦。
先说结论，如果存在个人经营所得，和个人综合所得都需要申报的情况下，应先在每年1月1日至3月31日期间内，完成经营所得个税申报，再在6月30日前，完成综合所得个人申报，并且在经营所得个税申报完成前不对个税APP做任何操作。如果以上顺序反转，很可能导致不能把有的扣除项目纳入个人经营所得申报的尴尬局面发生。具体来说，理由如下：
受税收政策影响两者存在关联
根据《国家税务总局关于办理2021年度个人所得税综合所得汇算清缴事项的公告》（国家税务总局公告2022年第1号）第四条“同时取得综合所得和经营所得的纳税人，可在综合所得或经营所得中申报减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除，但不得重复申报减除”。
根据以上规定，6万元的减除费用、专项扣除、专项附加扣除可以在综合所得，或经营所得中选择扣除，但不能重复扣除，并且不能拆分扣除。比如文件说的减除费用6万元，要么6万元全部在综合所得里扣除，要么全部在经营所得里扣除，不能分割成几个月在综合扣，其他月份在经营所得扣除。其他扣除也同理。
这就造成了相同扣除费用，在经营所得和综合所得中选择扣除问题。这就是两种所得存在内在关联的政策原因。
当前个税APP只能申报综合所得，进入申报界面后，个人综合所得中的6万扣除项目是必选项，不是可选项，无法选择不进行减除。因此，如果首先用个税APP申报综合所得后，会默认扣除6万（专项扣除及其附加等同理）。此后，在进行个人经营所得申报时无法再选择扣除。
当前个税APP系统和往年相比还有个变化，如果申报成功后，无法对已申报记录进行“作废”处理，只能选择“更正”。这就是说已扣除的6万减除费用无法恢复到之前未申报状态，即使更正后依然继续存在已减除的扣除费用，仍然无法在个人经营所得中进行扣除。
基于以上原因，如果同时存在需要申报综合所得和经营所得的纳税人，建议应首先进行个人经营所得的申报，再进行综合所得的个税申报。毕竟综合所得税申报结束还多3个月，等经营所得税申报无误后再踏实操作综合所得个税申报。
