会影响。

年度基本费用6万元、社保费及住房公积金个人部分、专项附加扣除（子女教育、继续教育、住房租金/贷款利息支出、赡养老人等）、公益性捐赠等，可以在“经营所得”和“综合所得”汇算中选择扣除。如果已经在“经营所得”中选择扣除了年度基本费用6万元等，就不得在“综合所得”汇算中重复扣除，就会造成“综合所得”汇算的结果出现应交税金增加的情形，最终可能需要补缴税款的情况。

说明：

没有单独的“工资薪金所得”汇算清缴，工资薪金所得属于“综合所得”；人们常说的“个税汇算”“个税退税”等，其实是指“综合所得”。

“综合所得”包括：工资薪金所得、劳务报酬所得、稿酬所得和特许权使用费所得。