根据《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）规定，软件生产企业实行增值税即征即退政策所退还的税款，由企业用于研究开发软件产品和扩大再生产，不作为企业所得税应税收入，不征收企业所得税。《财政部、国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》（财税[2011]70 号）第二条规定：“根据实施条例第二十八条规定，上述不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除。用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。”

根据上述规定，软件企业取得增值税实际税负超过 3%的退税款项，符合该文件不征税收入的规定，因此，应作为不征税收入处理，部分退税款用于研发的，不得在计算应纳税所得额时扣除。

【例】2023年，某软件生产企业企业发生研发费用200万元，软件生产企业取得实行增值税即征即退政策所退还的税款50万元，用于支出所形成的费用，当期损益，不考虑其他特殊情况：

1.50万元作为不征税收入处理，根据规定，部分退税款用于研发的，不得在计算应纳税所得额时扣除，其税前加计扣除金额为150万元（150x100%）。

2.50万元作为征税收入处理，应税收入相对来说增加50万元，其研发费用税前扣除为200万元（增加50万元），且税前加计扣除金额为200万元（200x100%），里外里增加100万元税前扣除，减去增加应税收入50万元，还是“多扣除”50万元（就是加计扣除部分）。