我们是一家自然人股东的控股公司，账面净资产是负数。但是被投资单位有大额未分配利润等，股东变更是否涉及股权转让个税？

是的，有可能会涉及股权转让的个税。

控股公司的自然人股权转让，需要看看账面上的长期股权投资、不动产等大额高溢价资产占比大小，若是占比资产总额的20%以上了，就需要评估，若是评估的金额超过账面金额的部分，需要计入控股公司的净资产中。

因此你控股公司，目前账面净资产虽然是负数，但是评估增值的部分计入净资产后有可能是正数了，则股权转让就会涉及个税了。

国家税务总局公告2014年第67号《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》第十二条 符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低:

（一）申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的；

第十四条主管税务机关应依次按照下列方法核定股权转让收入:

（一）净资产核定法

股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。

被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。