税收制度的改革是新一轮财税体制改革的重中之重。《决定》在增值税制度、消费税制度、资源税制度和个人所得税制度提出了较为具体的改革举措。

在增值税制度方面，《决定》提出要“完善增值税留抵退税政策和抵扣链条”。增值税留抵退税政策有利于节约企业的税金占用成本，加快资金流转速度，提高经营效率，对于进项税额较大的企业具有特别重要的作用。然而，这些政策也有进一步完善的现实需要。例如，对于那些现金流非常充沛的企业而言，这项政策的作用并不明显，甚至会因其遵从成本而导致得不偿失，因而一方面要优化政策的实施条件和监管流程，努力降低政策的遵从成本，另一方面要给纳税人以充分的选择自由。再如，这项政策使地方财政因实施退税而增加财政压力，引发地区之间增值税收入和负担的不均衡问题。增值税抵扣链条的畅通有助于消除重复征税，确保增值税政策传导机制的有效运作，是增值税制度完善的重要方面。针对我国目前增值税抵扣链条存在的“该抵的抵不了”和“不该抵的却抵了”的问题，应根据不同原因采取相应的解决办法。例如，对于因不合理的免税规定引起的抵扣链条断裂的，可以调整税收优惠方式甚至取消相关税收优惠政策。再如，对于目的不在于消除重复征税、不符合增值税原理的相关政策，应逐步限制其适用范围直至取消。

在消费税制度方面，《决定》提出要“推进消费税征收环节后移并稳步下划地方”。这些改革举措既涉及消费税制度本身的改革，也关系到地方税源的建设。我国的消费税制度是增值税制度的补充，因为增值税制度是一种税基较宽且主要目的在于筹集财政收入的“中性”税制；而消费税制度是在增值税的基础上选择某些特定商品征收且实现不同政策调控目的的“矫正性”税制。我国的消费税一直以来都是在应税消费品的生产和进口环节征收。消费税征收环节的后移就是要将消费税的征收环节从生产、委托加工和进口环节转移到零售环节。消费税征收环节的后移意味着消费税的纳税人将由生产企业或进口商转变为零售商，其计税依据将由原来的出厂价或进口价转变为零售价，税务机关的征管方式也会发生相应转变，因此这一改革不仅会使消费税的纳税人和计税依据都发生变化，而且会引起税收征收管理程序和方法的改变。

在资源税制度方面，《决定》提出要“全面推行水资源费改税”。资源税是对开发应税资源的单位和个人征收的一种税，它也是在普遍征收增值税基础上的一种选择性的特别商品税，主要目的是发挥对资源的保护作用、促进资源的合理开发和充分利用。从整体水资源管理的角度看，地表水和地下水都是水资源系统的重要组成部分，两者在水循环、生态平衡、农业灌溉、工业生产和城市供水等方面都发挥着关键作用。因此，水资源的费改税应综合考虑整个水资源系统的平衡和可持续性，对地表水和地下水采取综合管理措施。

在个人所得税制方面，《决定》提出要“健全直接税体系，完善综合和分类相结合的个人所得税制度，规范经营所得、资本所得、财产所得税收政策，实行劳动性所得统一征税”。在我国现行税制体系中，以所得税和财产税为组成部分而形成的直接税体系还比较薄弱，需要不断健全和完善，在收入和财富的公平分配方面进一步发挥应有的作用。个人所得税作为我国直接税体系中的重要组成部分，自2018年将工资薪金所得、劳务报酬所得、稿酬所得和特许权使用费所得综合征收，初步形成了综合和分类相结合的个人所得税新制度。《决定》中提到的规范经营所得、资本所得、财产所得税收政策，将可能从规范税前扣除项目及其标准、调整相关税收优惠和适用税率等方面展开。《决定》提到的实行劳动性所得统一征税，可能会涉及劳务报酬所得、稿酬所得和特许权使用费所得的费用扣除标准和年终奖金等一次性工资薪金收入计税依据的统一等政策调整。这些政策措施的顺利实施，将会进一步完善综合和分类相结合的个人所得税制度。