问题一：个人独资企业申报经营所得后，将剩余的利润打到投资者个人的账户，是否需要缴纳个人所得税？
解析：根据《财政部 国家税务总局关于印发<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>的通知》（财税〔2000〕91号）第五条规定：“ 个人独资企业的投资者以全部生产经营所得为应纳税所得额；合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，合伙协议没有约定分配比例的，以全部生产经营所得和合伙人数量平均计算每个投资者的应纳税所得额。
前款所称生产经营所得，包括企业分配给投资者个人的所得和企业当年留存的所得(利润)。”
个人独资企业和合伙企业按照上述规定申报缴纳经营所得个人所得税后，将利润分配给投资者个人不再缴纳个人所得税。
问题二：销售免税货物并提供运输的混合销售增值税如何计税？
解析：根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1第四十条规定：“一项销售行为如果既涉及服务又涉及货物，为混合销售。从事货物的生产、批发或者零售的单位和个体工商户的混合销售行为，按照销售货物缴纳增值税；其他单位和个体工商户的混合销售行为，按照销售服务缴纳增值税。
本条所称从事货物的生产、批发或者零售的单位和个体工商户，包括以从事货物的生产、批发或者零售为主，并兼营销售服务的单位和个体工商户在内。”
因此，以从事货物的生产、批发或者零售为主，在销售货物同时提供运输服务，应按照销售货物缴纳增值税。由于销售货物是免征增值税，因此混合销售中的运输服务也跟随免征增值税。
问题三：企业享受软件产品增值税即征即退退还的税款用于软件产品的研发，还可以享受企业所得税加计扣除的优惠吗？
解析：根据《财政部 国家税务总局关于财政性资金行政事业性收费政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2008〕151号）的规定，增值税即征即退税款属于财政性资金。
同时《财政部 国家税务总局关于进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展企业所得税政策的通知》（财税〔2012〕27号）规定：“符合条件的软件企业按照《财政部 国家税务总局关于软件产品增值税政策的通知》（财税〔2011〕100号）规定取得的即征即退增值税款，由企业专项用于软件产品研发和扩大再生产并单独进行核算，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。”
同时根据《国家税务总局关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告》（国家税务总局公告2015年第97号）第二条第（五）项规定，企业取得作为不征税收入处理的财政性资金用于研发活动所形成的费用或无形资产，不得计算加计扣除或摊销。
因此，作为不征税收入的增值税即征即退税款，用于研发活动所形成的费用或无形资产，不得计算加计扣除或摊销；但未作为不征税收入处理的增值税即征即退税款用于研发活动所形成的费用或无形资产，可按规定计算加计扣除。
问题四：软件企业在销售软件时也收取了安装费、维护费等相关费用，安装费和维护费等是否并入软件销售收入，合并计算享受即征即退优惠政策呢？
解析：根据《财政部 国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税〔2005〕165号）规定：“十一、关于计算机软件产品征收增值税有关问题 （二）纳税人销售软件产品并随同销售一并收取的软件安装费、维护费、培训费等收入，应按照增值税混合销售的有关规定征收增值税，并可享受软件产品增值税即征即退政策。”
问题五：我单位是一家民办的科研机构，从企业接收了用于基础研究的资金，可以享受免征企业所得税政策吗?
解析：《财政部 税务总局关于企业投入基础研究税收优惠政策的公告》（财政部 税务总局公告2022年第32号）对适用基础研究税收优惠政策的民办非营利科研机构和高等学校的条件进行了明确，要求同时符合以下条件：一是根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》规定在民政部门登记，并取得《民办非企业单位（法人）登记证书》。
二是对于民办非营利性科研机构，其《民办非企业单位(法人)登记证书》记载的业务范围应属于科学研究与技术开发、成果转让、科技咨询与服务、科技成果评估范围。对业务范围存在争议的，由税务机关转请县级(含)以上科技行政主管部门确认。对于民办非营利性高等学校，应取得教育主管部门颁发的《民办学校办学许可证》，记载学校类型为“高等学校”。三是经认定取得企业所得税非营利组织免税资格。
你单位如同时符合上述条件，接收企业、个人和其他组织机构基础研究资金收入，可以免征企业所得税。
