1、个人所得税风险。

公司名下有厂房的企业做股权转让，若是自然人股权的话，一旦大额高溢价资产超过了资产总额20%以上是需要评估的，评估增值的金额也需要计入企业净资产中，因此存在个人所得税的问题。

参考：

国家税务总局公告2014年第67号《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》第十二条 符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低:

（一）申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的；

第十四条主管税务机关应依次按照下列方法核定股权转让收入:

（一）净资产核定法

股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。

被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。

2、土地增值税风险。

对于企业账面上仅仅有厂房的企业做股权转让，带有明股实房的风险，也就是名义上股权转让，实质上买卖厂房，存在被穿透按照实质重于形式来征收土地增值税风险。被税务机关认定为变相转让不动产，从而征收土地增值税。建议在股权转让之前，提前跟当地税局做好咨询和沟通。

参考一：

国家税务总局《关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函〔2000〕687号）：广西壮族自治区地方税务局：

你局《关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的请示》（桂地税报〔2000〕32号）收悉。鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100％的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。

参考二：

国税函[2009]387号（2009年7月17日）：

你局（广西壮族自治区地方税务局）《关于土地增值税相关政策问题的请示》（桂地税报[2009]13号）收悉。鉴于广西玉柴营销有限公司在2007年10月30日将房地产作价入股后，于2007年12月6日、18日办理了房地产过户手续，同月25日即将股权进行了转让，且股权转让金额等同于房地产的评估值。因此，我局认为这一行为实质上是房地产交易行为，应按规定征收土地增值税。

参考三：

国税函[2011]415号（2011年7月29日）：

你局（天津市地方税务局）《关于天津泰达恒生转让土地使用权土地增值税征缴问题的请示》（津地税办〔2011〕6号）收悉。经研究，同意你局关于“北京国泰恒生投资有限公司利用股权转让方式让渡土地使用权，实质是房地产交易行为”的认定，应依照《土地增值税暂行条例》的规定，征收土地增值税。

参考四：

2014年12月2日，国家税务总局颁布了《一般反避税管理办法（试行）》（国家税务总局令2014年第32号）第五条规定，税务机关应当以具有合理商业目的和经济实质的类似安排为基准，按照实质重于形式的原则实施特别纳税调整。调整方法包括：

（一）对安排的全部或者部分交易重新定性；

（二）在税收上否定交易方的存在，或者将该交易方与其他交易方视为同一实体；

（三）对相关所得、扣除、税收优惠、境外税收抵免等重新定性或者在交易各方间重新分配

（四）其他合理方法。