某内资企业是2021年注册在海南自贸港的公司制创业投资企业，主要从事初创型公司的股权投资业务，其创业投资主营业务收入占企业收入总额的100%。根据《财政部、税务总局关于海南自由贸易港企业所得税优惠政策的通知》（财税[2020]31号）以及《国家税务总局海南省税务局关于海南自由贸易港企业所得税优惠政策有关问题的公告》（海南省税务局公告2020年第4号）的有关规定，该企业自行研判其主营业务符合《产业结构调整指导目录（2019年本）》中的“创业投资”项目，且符合实质性运营条件，遂在2021年至2024年的企业所得税汇算清缴时主动适用15%优惠税率予以申报纳税。

2025年2月，当地主管税务机关对该企业作出《税务事项通知书》，认为企业没有依照《创业投资企业管理暂行办法》进行备案，不符合享受海南自贸港税收优惠政策的条件，要求企业限期补缴以前年度税款及滞纳金。

判断税务机关作出上述征税行为是否具有税法依据，即税务机关能否以创投企业未备案为由否定其海南自贸港税收优惠资格，要从两个方面考察。其一是海南自贸港企业所得税优惠政策的法定适用条件是什么，其二是与《创业投资企业管理暂行办法》的备案规则相挂钩的优惠政策是否包含海南自贸港企业所得税优惠政策。这里先就第一个问题进行分析。

《财政部、税务总局关于海南自由贸易港企业所得税优惠政策的通知》（财税[2020]31号）规定，“对注册在海南自由贸易港并实质性运营的鼓励类产业企业，减按15%的税率征收企业所得税。”之后，海南省税务局发布《关于海南自由贸易港企业所得税优惠政策有关问题的公告》（海南省税务局公告2020年第4号），明确了该税收优惠政策的具体执行事项。结合这两个文件的规定，可以总结出享受15%优惠税率的企业需要具备以下三个条件：

第一，企业要注册设立在海南自贸港。

第二，企业要以《海南自由贸易港鼓励类产业目录》中规定的产业项目为主营业务，且其主营业务收入占企业收入总额的60%以上。

财税[2020]31号明确，《海南自由贸易港鼓励类产业目录》包括《产业结构调整指导目录（2019年本）》、《鼓励外商投资产业目录（2019年版）》和海南自由贸易港新增鼓励类产业目录。“创业投资”项目属于《产业结构调整指导目录（2019年本）》中“三十、金融服务业”的第9项，也属于《鼓励外商投资产业目录（2019年版）》中“八、租赁和商务服务业”的第373项。

2021年1月，国家发改委、财政部、税务总局正式发布《海南自由贸易港鼓励类产业目录(2020年本)》，确定该目录包括“国家现有产业目录中的鼓励类产业”和“海南自由贸易港新增鼓励类产业”。其中，“国家现有产业目录中的鼓励类产业”仍然以《产业结构调整指导目录（2019年本）》、《鼓励外商投资产业目录（2019年版）》及其新修订版本为准，“海南自由贸易港新增鼓励类产业”的具体项目得到了明确。该目录的实际执行期为2020年1月1日至2024年2月29日。

在2024年2月29日之前，《产业结构调整指导目录（2019年本）》于2024年2月1日更新为《产业结构调整指导目录(2024年本)》，保留了“创业投资”项目；《鼓励外商投资产业目录（2019年版）》于2021年1月27日更新为《鼓励外商投资产业目录(2020年版)》，保留了“创业投资”项目，后又于2023年1月1日更新为《鼓励外商投资产业目录(2022年版)》，删去了“创业投资”项目。

2024年3月1日，国家发改委、财政部、税务总局联合更新发布的《海南自由贸易港鼓励类产业目录(2024年本)》正式实施，同时废止了《海南自由贸易港鼓励类产业目录(2020年本)》。新目录包括《产业结构调整指导目录(2024年本)》、《鼓励外商投资产业目录(2022年版)》和海南自由贸易港新增鼓励类产业。

上列情况表明，自2020年1月1日至今，内资性质的创投企业一直属于海南自贸港鼓励类产业，没有变化，而外资性质的创投企业仅在2020年1月1日至2022年12月31日期间属于鼓励类产业，自2023年1月1日起不再属于鼓励类产业。

第三，企业要符合实质性运营的条件。关于这一项条件，海南省税务局、海南省财政厅、海南省市场监督管理局在2021年3月发布了《关于海南自由贸易港鼓励类产业企业实质性运营有关问题的公告》，在2022年9月27日发布了《关于海南自由贸易港鼓励类产业企业实质性运营有关问题的补充公告》。实质性运营的基本判断原则就是实际管理机构、生产经营、人员、账务、资产均在自贸港，具体规则本文不再赘述。

可以看到，上述政策文件并没有特别规定创业投资企业享受海南自贸港15%优惠税率需要进行备案的额外条件。换句话说，只要创投企业注册在海南自贸港，主营业务收入占比达标，符合实质性运营条件的，就具备了享受15%优惠税率的法定条件。财税[2020]31号规定的税收优惠政策期限截止到2024年12月31日，财政部和国家税务总局在2025年1月24日发布了《关于延续实施海南自由贸易港企业所得税优惠政策的通知》（财税[2025]3号），规定将财税[2020]31号的税收优惠政策执行期限延长至2027年12月31日。

此外，《关于海南自由贸易港企业所得税优惠政策有关问题的公告》（海南省税务局公告2020年第4号）第一条第（三）款明确规定，“鼓励类产业企业减按15%税率征收企业所得税政策，在预缴申报时可按规定享受，主要留存备查资料为：1.主营业务属于自贸港鼓励类产业目录中的具体项目、属于目录的主营业务收入占企业收入总额60%以上的说明；2.企业进行实质性运营的相关情况说明，包括企业资产总额、收入总额、人员总数、工资总额等，并说明在自贸港设立的机构相应占比。”这一规定也表明，符合三项法定条件的创投企业在享受税收优惠政策时既不需要提供发改部门出具的主营业务属于鼓励类产业的确认材料，更不需要提供备案材料。

2005年11月15日，国家发改委等十部委发布《创业投资企业管理暂行办法》，自2006年3月1日起实施。《办法》第三条规定，“国家对创业投资企业实行备案管理。凡遵照本办法规定完成备案程序的创业投资企业，应当接受创业投资企业管理部门的监管，投资运作符合有关规定的可享受政策扶持。未遵照本办法规定完成备案程序的创业投资企业，不受创业投资企业管理部门的监管，不享受政策扶持。”这里需要明确的是，作为部门规章的《办法》设立的备案制度不属于行政许可，非强制性事项，实质上属于企业的自愿行为，不是限制市场准入行为，不能阻碍创业投资企业的设立和经营。

按照《办法》的相关规定，符合实收资本不低于3000万元等一系列条件的创投企业才能达到备案的门槛。完成备案后企业的投资经营活动将受到《办法》的规范和约束以及管理部门的监管，例如对单个企业的投资金额不能超过企业总资金额度的20%（变相要求创投企业的投资项目不能少于五家企业），不能投资担保和房地产业务，每个年度向管理部门提交财务报告和业务报告并接受管理部门的年度检查等等。

与此同时，完成备案的创投企业可以享受三项政策扶持。《办法》第四章“对创业投资企业的政策扶持”共有三条。其中，第二十二条规定，“国家与地方政府可以设立创业投资引导基金，通过参股和提供融资担保等方式扶持创业投资企业的设立与发展。具体管理办法另行制定。”简而言之就是政府可以为备案的创投企业提供资金支持。第二十三条规定，“国家运用税收优惠政策扶持创业投资企业发展并引导其增加对中小企业特别是中小高新技术企业的投资。具体办法由国务院财税部门会同有关部门另行制定。”要注意，《办法》出台后，国家尚未出台与备案制挂钩的具体税收优惠政策，《办法》实际上是把出台与备案制相挂钩的税收优惠政策的权力赋予了财政部和国家税务总局。更为重要的是，与备案制相挂钩的税收优惠政策的核心目的是要引导创投企业投资中小企业，带有明显的引导性和目的性。这两点是判断某项税收优惠政策是否与备案制挂钩的关键。第二十四条规定，“创业投资企业可以通过股权上市转让、股权协议转让、被投资企业回购等途径，实现投资退出。国家有关部门应当积极推进多层次资本市场体系建设，完善创业投资企业的投资退出机制。”即本条保护创投企业有序退出投资的获益权利。

按照《办法》第二十二条的规定，判断一项税收优惠政策是否与备案制挂钩，主要有三个方面：第一，某项税收优惠政策是否与备案挂钩必须是由财政部和税务总局确立。换言之，任何地方税务机关、地方政府、地方政府部门都无权主张将一项不相关的税收优惠政策与备案制挂钩。第二，财政部和税务总总局制定的税收优惠政策要明确备案的适用条件。如果财政部税务总局所制定的税收优惠政策没有明确要求备案的条件，那么该项税收优惠政策就不能与备案制挂钩，不能排除非备案创投企业的适用权利。第三，与备案制挂钩的税收优惠政策应当具有引导创投企业投资中小企业的特征。

《办法》出台后，财政部和税务总局陆续出台了许多与备案制挂钩的税收优惠政策，均符合上述三个特征。例如，2007年2月7日财政部、国家税务总局《关于促进创业投资企业发展有关税收政策的通知》（财税[2007]第31号）规定，创投企业采取股权投资方式投资于未上市中小高新技术企业2年以上，可按其对中小高新技术企业投资额的70％抵扣该创业投资企业的应纳税所得额，并且明确规定了适用条件之一就是完成备案程序。这一政策既明确规定与备案挂钩，又带有明显的引导投资中小企业的特征。又如国税发[2009]87号、财税[2018]55号。这几个税收优惠政策都有三个鲜明的特点，即都是投资额抵扣所得额、都明确引导投资中小企业、都明确规定了需完成备案的适用条件。

实践中，还有两类创投企业税收优惠政策不属于投资额抵扣所得额，也没有明显地引导投资中小企业的特征，但是仍然明确规定了备案的适用条件。这两类税收优惠政策分别是财税〔2019〕8号和北京中关村（财税〔2020〕63号）、上海浦东（财税〔2021〕53号）、雄安新区（财税〔2023〕40号）三个特殊地域的优惠政策。

可见，无论是本文分析的海南自贸港税收优惠政策，还是存有相同争议的西部大开发税收优惠政策，既无引导创投企业投资中小企业的功能，也没有规定明确的备案适用条件，均不具备与创投企业备案制相挂钩的特征。现代法治的基本原则是，行政机关自身要遵循“法无授权即禁止”的原则，而对行政相对人要适用“法无禁止即可为”的原则。如果非要把这两类税收优惠政策与备案制挂钩，那么必须是由财政部和国家税务总局作出明确的规定或解释，任何其他政府部门和税务机关都不能越权解释和执法。

通过前面的分析可以清晰地看到，财政部、税务总局规定的海南自贸港15%优惠税率没有规定备案的适用条件，符合注册地在海南、实质性运营、主营业务收入占比达标的创投企业即便未完成备案，仍有权享受税收优惠政策。如果税务机关仅仅依据《创业投资企业管理暂行办法》第三条的规定否定企业的优惠资格，就明显属于适用依据错误。但是，海南省发改委的一份文件却硬生生地将税收优惠政策与备案挂钩，又把这类争议问题复杂化。

2021年9月22日，海南省发改委发布了《海南自由贸易港创业投资工作指引(2021年版)》（琼发改财金〔2021〕709号），“常见问题解答”中有一项问答系：

“注册在海南的创业投资企业能享受15%企业所得税政策吗？

——经备案且每年通过年检的创业投资企业可以享受。”

这份《工作指引》后续又有两个新的版本。2022年10月20日海南省发改委发布的《海南自由贸易港创业投资工作指引(2022年版)》和2024年3月13日发布的《海南自由贸易港创业投资工作指引(2024年版)》均保留了这项问答内容。显然，按照海南省发改委的理解，只有经备案且每年通过年度检查的创业投资企业才能享受15%优惠税率，这就明显把这项税收优惠政策与备案制相挂钩。那么问题是，税务机关能否援引这份《工作指引》认定未备案的创投企业不具有税收优惠资格吗？答案显然是不能，根本原因就在于海南省发改委制定的《工作指引》明显超越其职权，不能作为税收执法依据。

第一，这份《工作指引》是由海南省发改委自己制定并发布，并没有联合海南省税务局一同制定和联合发布。然而，《工作指引》却对税收优惠政策适用这一税收征管事项作出了解读，这就明显违背了《税收征管法》税收法定的基本精神，犯了逾越税收征管职权的错误。换言之，税务机关在实施税收征管活动时只能依据税法和税收政策规定，不可能依据非税部门的政策文件征免税收，所以税务机关万万不能把这份《工作指引》作为自己执法的合法性依据。退一步讲，即便税务机关同样认为15%优惠税率应当与备案制挂钩，也应当另寻他法。

第二，《创业投资企业管理暂行办法》对各部门的职权做了明确的规定和部署，各地发改部门是落实备案年检等管理制度的管理部门，其职权范围仅限于对创投企业实施经营监管，而制定与备案制相挂钩的税收优惠政策的权利已经赋予给了财政部和税务总局，即便是国家发改委都没有权利在未经财政部、税务总局同意的情况下将某一项税收优惠政策强行与备案制挂钩，省级发改部门更是没有这种权利了。

可见，海南省发改委制定的《工作指引》不仅仅逾越了海南省税务局的职权，还与财政部、国家税务总局的职权发生了冲突。不仅如此，海南省发改委在开展创投企业备案年检工作的过程中也存在着“夹带私货”的现象，以2023年度备案年检为例说明。

2023年6月7日，海南省发改委发布《关于开展2023年创业投资企业备案年检工作的通知》（琼发改财金〔2023〕416号），其中第五条“税收优惠申请”规定，“享受税收优惠政策的创业投资企业应符合国家发展改革委有关创业投资企业的管理规范，并按照《办法》规定进行备案并通过年检，还应符合《关于创业投资企业和天使投资个人有关税收政策的通知》（财税〔2018〕55号）和《关于创业投资企业个人合伙人所得税政策问题的通知》（财税〔2019〕8号）有关规定。创业投资企业应当自行比对是否符合享受税收政策的各项条件。符合条件的创业投资企业可通过“创投备案系统”登记拟新申报税收优惠有关信息，填报《创业投资企业所得税抵扣情况表》并签署信用承诺书。我委将对符合享受税收优惠政策的创业投资企业予以公示，税收登记信息推送税务部门，以确保企业能够及时享受优惠政策。”从这个通知内容来看，海南省发改委只是把财税〔2018〕55号和财税〔2019〕8号这两项税收优惠与备案挂钩，并没有直接将海南自贸港15%优惠税率与备案挂钩，原因就是前两项优惠政策正是前文分析的财政部税务总局明确规定了前两个政策要与备案制挂钩，而没有规定海南自贸港15%优惠税率政策要与备案制挂钩。

然而，2024年11月12日海南省发改委发布的《关于公布2023年创业投资企业年检结果的通知》（琼发改便函〔2024〕3056号）却规定，“通过年检企业可依据《关于创业投资企业和天使投资个人有关税收政策的通知》（财税〔2018〕55号）、《关于延续实施创业投资企业个人合伙人所得税政策的公告》（2023年第24号）、《关于海南自由贸易港企业所得税优惠政策的通知》（财税〔2020〕31号）享受税收优惠。”显然，这份通知就把海南自贸港15%优惠税率政策悄悄地塞进了与备案制挂钩的优惠政策包中。

总之，海南省发改委的相关文件和做法给面临这类税务争议的创投企业增加了解决争议的客观困难。宏观来看，海南省发改委对这一税收优惠政策与备案制挂钩的意见口径不利于增加海南当地实收资本不超过3000万元的创投企业数量，反而可能造成海南投资规模的缩减。体量较小的创投企业往往更青睐于投资海南当地的中小企业，更符合《创业投资企业管理暂行办法》鼓励投资中小企业的制度目标。在当前投资热潮减弱、经济复苏压力明显的背景下，相关部门应当更加灵活运用当前税收优惠和扶持政策，培育投资成果，保护投资信心，促进投资增长。

结语：鉴于海南省发改委作出的关于海南自贸港15%优惠税率只适用于完成备案的创投企业的相关文件，建议在海南自贸港的未备案创投企业审慎自行适用这一税收优惠政策。在海南省发改委尚未变更其政策口径的情况下，创投企业宜在履行备案程序之后享受这一税收优惠政策，以免产生税收争议，影响投资决策，造成财产损失。如相关创投企业与税务机关就税收优惠政策适用产生争议，要积极配合，审慎应对，依法依规陈述申辩，积极寻求税务律师提供专业支持和法律救济。