总包代发农民工工资，个税谁来扣？怎么做账？看看几个核心问题：
1.个税由谁扣缴？劳务分包单位（即雇佣农民工的公司）是法定扣缴义务人。
2.总包单位做什么？总包单位通过“农民工工资专用账户”代发工资，起到资金监管和支付保障的作用，但不承担扣缴个税的法律责任。
3.怎么做账？核心原则是“代收代付”，总包方不将此笔款项确认为自己的成本，而是作为对分包方的应付款项处理。
一、个税扣缴：责任归属与操作流程（为什么是分包方？）
根据《中华人民共和国个人所得税法》规定，支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。法律上的雇佣关系：农民工是与劳务分包单位签订的劳动合同（或劳务合同），建立的是法律上的雇佣关系。因此，分包单位是工资薪金的“支付方”，是法定的个人所得税扣缴义务人。
总包代发的本质：总包单位代发工资，是受分包单位委托，根据《保障农民工工资支付条例》的要求，通过专用账户将工资直接支付给农民工。这本质上是一种“代为转账”的行为，并未改变农民工是“分包单位员工”这一根本事实。
正确的操作流程如下：
1.分包单位计算与申报：每月，劳务分包单位需要为其雇佣的每一位农民工计算工资薪金所得，并按照税法规定预扣预缴个人所得税。在自然人电子税务局（扣缴端）中，完成个人所得税的申报。
2.总包单位代发：分包单位将包含农民工姓名、身份证号、银行卡号、应发金额、已扣个税、实发金额的工资表明细提供给总包单位。总包单位审核后，从农民工工资专用账户将实发金额（即税后工资）支付到农民工个人银行卡。
3.资金结算：总包单位从应付给分包单位的工程款中，扣除已经代发的工资总额（含个税）。扣除的款项包括两部分：
（1）实发工资：已经直接付给农民工的钱。
（2）个税款：分包单位已申报但需要资金去缴纳的税款。
关键点：总包代发的是“工资包”，这个包里包含了要发给工人的钱和要交给税务局的税。个税的申报主体和扣缴责任主体，始终是分包单位。
二、账务处理：总包与分包的分录详解
案例：总包单位（甲公司）将一项劳务分包给分包单位（乙公司）。合同总价100万元（不含税，增值税率假设为9%）。本月根据工程量确认，应付乙公司工程款21.8万元（含税20万 + 增值税1.8万）。根据乙公司提供的工资表，需代发农民工工资15万元，其中个税为0.5万元，实发14.5万元。
（一）总包单位（甲公司）的账务处理
核心科目：“应付账款—分包工程款” 和 “应付职工薪酬—代发农民工工资”（或用“其他应付款”）。
1.确认分包成本和应付账款时：
借：合同履约成本—工程施工—分包成本 200,000
应交税费—应交增值税（进项税额） 18,000
贷：应付账款—乙公司（分包工程款） 218,000
解读：确认了20万的成本和1.8万的进项税，总共欠乙公司21.8万。
2.通过专户代发农民工工资时：
借：应付账款—乙公司（分包工程款） 150,000
贷：应付职工薪酬—代发农民工工资 150,000
解读：本来欠乙公司21.8万，现在因为代他发了工资，所以债务减少15万。同时，产生一笔代付义务。
借：应付职工薪酬—代发农民工工资 150,000
贷：银行存款—农民工工资专户 145,000
贷：其他应付款—代扣代缴个税（乙公司） 5,000
解读：实际从专户支付14.5万给工人，剩余的0.5万是个税，需要帮忙代缴或转给乙公司。实践中，通常将这0.5万也转给乙公司，由乙公司自行缴纳。
3.支付剩余工程款给分包方乙公司时：
应支付余额 = 218,000 - 150,000 = 68,000元
借：应付账款—乙公司（分包工程款） 68,000
贷：银行存款 68,000
解读：支付剩余的工程款。如果个税款是转给乙公司的，则包含在这6.8万中。
（二）分包单位（乙公司）的账务处理
核心科目：“应收账款” 和 “应付职工薪酬”。
1.确认收入和应收账款时：
借：应收账款—甲公司 218,000
贷：合同结算—价款结算 200,000
贷：应交税费—应交增值税（销项税额） 18,000
解读：确认了20万的收入和1.8万的销项税，甲公司总共欠我21.8万。
2.计提本月应付农民工工资时：
借：合同履约成本—人工费 150,000
贷：应付职工薪酬—工资 150,000
解读：这15万是我乙公司的成本。
3.收到总包方甲公司代发工资的结算单，并结转工资：
借：应付职工薪酬—工资 150,000
贷：应收账款—甲公司 150,000
贷：应交税费—应交个人所得税 5,000
解读：甲公司帮我发了工资，所以他对我的欠款减少15万。我计提的工资也支付完毕。同时，我产生了代扣个税的义务5,000元。
4.申报并缴纳个人所得税时：
借：应交税费—应交个人所得税 5,000
贷：银行存款 5,000
解读：履行扣缴义务，将个税上缴税务局。这笔钱可能来自总包结算的余款。
5.收到总包方支付的剩余工程款时：
借：银行存款 68,000
贷：应收账款—甲公司 68,000
解读：收到余款，与总包方账款结清。
三、关键风险点与注意事项
1.协议明确是基础：总包与分包必须在《劳务分包合同》或补充协议中明确约定代发工资的流程、个税扣缴的责任主体（分包方）、工资表提供的时间和要求等。
2.工资表是核心证据：分包单位提供的工资表必须真实、准确、完整，并有农民工本人签字确认。这是总包单位代发的唯一依据，也是分包单位进行个税申报的原始凭证。总包单位应保留工资表备查。
3.资金流要清晰：总包单位必须通过“农民工工资专用账户”进行支付，确保资金流向清晰可查，符合国家监管要求。
4.个税申报不可忘：分包单位绝不能因为工资是总包代发就忘记个税申报。否则，税务稽查时，责任将由分包单位承担，面临滞纳金和罚款。
5.四流合一：确保合同流、发票流、资金流、业务流四流合一。业务是真实的，合同是清晰的，发票是合规的，资金流向（从总包专户到工人个人账户）与合同和发票一致。
总结
总包代发农民工工资，个税扣缴的“帽子”始终戴在分包单位头上。 账务处理上，总包单位是“过路财神”，通过往来科目核算；分包单位则是成本的承担者和个税的法定扣缴人。只要把握住“谁雇佣，谁扣税”的原则，并做好协议和凭证管理，这个问题就能轻松理清。
