这是一个在建筑行业非常普遍且重要的税务问题。分包方不需要将总包方代发的农民工工资部分，并入其建筑服务销售额计缴增值税。以下是详细的法律和税务原理分析：

一. 增值税的计税基础：全部价款和价外费用

      根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）的规定，增值税的销售额，是指纳税人发生应税行为取得的全部价款和价外费用。

      这里的关键在于“取得” 和 “价款”。“价款” 指的是提供建筑服务这一应税行为所对应的对价。“取得” 指的是这笔钱是作为服务对价支付给分包方的。

二. 总包代发工资的法律和业务实质

      在总包代发工资的模式下，其业务实质是：

1. 雇佣关系：农民工与分包方建立劳动关系或劳务雇佣关系。分包方是工资薪金的法定支付义务人。

2. 债务承担：总包方代替分包方向其雇佣的农民工支付工资，这在法律上属于“第三人履行债务”或“代垫费用”。

3. 资金流向不等于收入确认：总包方将工资直接付给农民工，但这笔钱并不是分包方因提供建筑服务而“取得”的收入。它本质上是分包方应该支付的人工成本，由总包方代为支付了。

3. 税务处理分析

      我们可以通过一个简单的例子来理解：分包合同总价：100万元， 其中，农民工工资部分：40万元（由总包方直接代发）， 分包方实际收到的款项：60万元（100万 - 40万）

      正确的税务处理：

      分包方的增值税销售额 = 100万元。

      但请注意，这100万元是分包方向总包方开具建筑服务发票的价税合计总额。

      总包方代发的40万元工资，是包含在这100万元总销售额之内的。它只是100万元总价款的一种支付方式，而不是在100万元之外的额外收入。

      分包方在计算增值税时，应按照100万元的销售额计算销项税额（或按简易计税方法计算应纳税额）。

      在账务处理上，分包方确认收入100万元，同时确认成本（包含这40万元的人工成本）。总包方代发的40万元，会冲减分包方对总包方的应收账款。

      一个常见的误解：有人认为，分包方只收到了60万现金，为什么增值税要按100万来交？这是因为增值税是“价外税”，它针对的是交易行为的公允价值（合同金额），而不是企业的现金净流入。这40万元虽然没经过分包方的银行账户，但它确实用于支付了分包方的成本，构成了分包方收入的一部分。

4. 政策依据

      财税〔2016〕36号文附件1《营业税改征增值税试点实施办法》第三十七条对此有明确规定：

      “销售额，是指纳税人发生应税行为取得的全部价款和价外费用，财政部和国家税务总局另有规定的除外。

      以委托方名义开具发票代委托方收取的款项，不属于代收代付款项。”

      在总包代发工资模式下，总包方是以自己的名义支付工资，而不是以分包方名义收取款项再转付，因此不属于上述例外情况。它更符合“代垫费用”的性质，而代垫费用如果同时符合以下两个条件，则不视为价外费用：

（1.）承运部门的运输费用发票开具给购买方的；

（2.）纳税人将该项发票转交给购买方的。

      虽然这是针对运输费用的具体规定，但其原理相通：即这笔钱（工资）的最终受益人和支付对象是明确的（分包方的工人），且是代表分包方履行其支付义务，因此不计入总包方的销售额，同时也不从分包方的销售额中扣除。

三、总结

      分包方应以其与总包方签订的合同总金额（即包含代发工资在内的全部价款）作为建筑服务销售额，计算缴纳增值税，并向总包方开具全额发票。

      总包方代发的农民工工资，是其向分包方支付工程款的一种形式，不属于分包方取得的额外收入，也无需从分包方的销售额中扣除。

      核心原则：增值税的计税依据是应税行为的交易总额，资金的支付路径和方式（无论是直接支付、代发工资还是抵扣账款）不改变销售额的确认基础。

      在实际操作中，确保合同条款清晰、资金流、发票流和合同流一致，是避免税务风险的关键。