为规范和支持企业并购重组，我国逐步建立了企业重组所得税特殊性税务处理制度。2009年，财政部、国家税务总局联合发布《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号，以下简称“59号文”），区分一般性税务处理与特殊性税务处理，对符合条件的企业重组给予递延确认所得的税收待遇。此后，国家税务总局先后发布《企业重组业务企业所得税管理办法》（国家税务总局公告2010年第4号，以下简称“4号公告”）和《关于企业重组业务企业所得税征收管理若干问题的公告》（国家税务总局公告2015年第48号，以下简称“48号公告”），进一步明确企业重组的申报、资料报送及后续管理要求。

根据4号公告第四条，“同一重组业务的当事各方应采取一致税务处理原则，即统一按一般性或特殊性税务处理”。即同一重组业务的当事各方应采取一致税务处理原则，即统一进行一般性或特殊性税务处理。对于上市公司等股东人数较多、主体类型复杂的企业，要求全部当事方统一选择特殊性税务处理，实践中可能面临较高的沟通和协调成本，即使符合特殊性税务处理的其他条件，也可能因难以形成一致意见而无法适用相应政策。

针对上述问题，2026年7月，国家税务总局发布《关于企业重组业务所得税处理有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2026年第13号，以下简称“13号公告”），对企业合并、分立业务适用特殊性税务处理的一致性要求及相关征管规则作出调整。根据13号公告，符合规定条件的部分可以适用特殊性税务处理，其余部分适用一般性税务处理，从而使两种税务处理方式可以在同一项合并、分立业务中并行适用。

（一）适用重组类型限于企业合并、分立业务

13号公告第一条便开门见山指出其调整对象为“企业合并、分立业务”。根据59号文第一条规定，企业重组包括“企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立等。”其中，合并是指“一家或多家企业（以下称为被合并企业）将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业（以下称为合并企业），被合并企业股东换取合并企业的股权或非股权支付，实现两个或两个以上企业的依法合并”；分立是指“一家企业（以下称为被分立企业）将部分或全部资产分离转让给现存或新设的企业（以下称为分立企业），被分立企业股东换取分立企业的股权或非股权支付，实现企业的依法分立”。因此，应当认为，企业执行的重组方案在实质上与上述合并、分立的内涵相符时，才可以考虑适用13号公告有关特殊性税务处理的规定。

（二）达成一致的居民企业股东合计持股比例须超过50%

13号公告第一条规定：“合计持股比例超过50%的被合并（被分立）企业的居民企业股东与被合并（被分立）企业、合并（分立）企业就适用特殊性税务处理达成一致的，达成一致的股东持有的股权以及股权对应的被合并（被分立）企业转让的资产和负债、合并（分立）企业取得的资产和负债可以适用特殊性税务处理，其余股东持有的股权以及股权对应的被合并（被分立）企业转让的资产和负债、合并（分立）企业取得的资产和负债均应适用一般性税务处理。”据此，超过50%的比例应当按照达成一致的居民企业股东持有被合并（被分立）企业的股权比例合计计算。该项标准考察的是持股比例，计算主体限于居民企业股东，自然人、合伙企业、契约型资管产品和非居民企业持有的股权不计入该比例。合计持股比例的判断时点，则应结合13号公告第二条所称重组日确定。

（三）两类核心居民企业股东均须达成一致

13号公告第二条规定，仅有达成一致的居民企业股东合计持股比例超过50%，尚不足以适用新机制，仍需两种类型的核心股东在重组日就适用特殊性税务处理达成一致：（1）重组日持有被合并（被分立）企业股权比例不低于5%的居民企业股东；（2）被合并（被分立）企业的前十大居民企业股东。在确定“前十大居民企业股东”时，应注意“前十大”是在居民企业股东范围内按照持股比例进行排序，而不是在全部股东中直接选取前十名。自然人、合伙企业、契约型资管产品或者非居民企业即使持股比例排名靠前，也不占用前十大居民企业股东的名额。

（四）重组后12个月内需满足重组权益持续性要求

企业若要根据13号公告持续适用特殊性税务处理，需满足两类重组权益连续性和经营连续性的要求：其一，重组日持有被合并（被分立）企业股权比例不低于5%的居民企业股东、前十大居民企业股东，不能在重组后12个月内转让股权；其二，除前述股东外，达成一致的其他股东在重组后12个月内可以转让股权，但不能导致达成一致的合计持股比例不再超过50%。根据规定，若上述要求不被满足，将不再符合适用特殊性税务处理条件，已进行特殊性税务处理的，所有当事各方都应当适用一般性税务处理作纳税调整。因此，13号公告虽然降低了重组日就适用特殊性税务处理形成一致意见的难度，但对企业后续重组权益持续性和经营连续性提出严格管理要求，企业在重组完成后，仍需持续监测相关股东的股权变动，不能将特殊性税务处理视为重组日一次判断后即最终确定的税务结果。

（五）仍须符合特殊性税务处理的其他条件

如前所述，13号公告在实质上是对重组业务一致税务处理原则的一项例外，为股东数量多、类型多、难以就特殊性税务处理适用达成一致意见的企业降低达成一致意见的难度，但仍需满足现行规定中关于适用特殊性税务处理的其他要求。比如，59号文第五条规定：“企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定：（一）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。（二）被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。（三）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。（四）重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。（五）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。”故若企业拟根据13号公告适用特殊性税务处理，应当同时关注其他现行有效的相关重组政策文件，综合、全面地判断重组业务是否满足特殊性税务处理的全部适用条件。

（一）一般性税务处理部分的计税基础可选择简化方法

13号公告对适用一般性税务处理部分的资产和负债计税基础确定提供了两种路径：一是按公允价值确定；二是选择简化方法，即按该部分资产和负债的原计税基础确认计税基础，并将对应的公允价值与原计税基础之间的差额，单独作为一项资产，自重组日所属年度起分10年均匀在税前摊销扣除。上述简化方法一经选择，不得改变。

（二）明确被合并（分立）企业的股东类型多元化不影响政策适用

为支持企业完成并购重组，48号公告已将合并中被合并企业股东和分立中被分立企业股东放宽至自然人，在此基础上，13号公告第三条规定进一步将合伙企业、契约型资管产品、非居民企业纳入合并、分立业务股东范围。但需注意，上述股东需要按照现行规定进行所得税处理，比如自然人股东应当按个人所得税的相关规定进行税务处理。

（三）新规适用时间与重组日的认定

13号公告适用于重组日在2026年1月1日以后的企业重组业务，因此，重组日的确定直接关系新旧规则的适用。根据48号公告第三条，合并业务以合并合同或者协议生效、当事各方已进行会计处理且完成工商新设登记或者变更登记之日为重组日；依法无需办理工商新设或者变更登记的，以合并合同或者协议生效且当事各方已进行会计处理之日为重组日。分立业务则以分立合同或者协议生效、当事各方已进行会计处理且完成工商新设登记或者变更登记之日为重组日。

上述规则适用于一般合并、分立业务时相对明确，但现实中，尤其在上市公司吸收合并中，交易通常涉及换股、证券登记、资产权属变更及会计处理等多个环节，各环节完成时间可能并不一致，重组日的认定因而可能面临一定困难。比如，被吸收合并企业股东取得上市公司股份，通常以证券登记结算机构办理股份登记为权利变动的重要节点，并不涉及股东层面的工商变更登记。此外，被吸收合并企业持有的不动产、知识产权、长期股权投资等资产，可能分别履行不同的权属变更程序，完成时间也可能存在差异。因此，在现行规定尚未针对上市公司吸收合并作出更细化规定的情况下，企业应结合协议生效、会计处理、证券登记、工商登记及主要资产交割等节点，审慎确定重组日，并确保股东识别口径与交易实施过程相互衔接。对于跨越2026年1月1日、交易周期较长或者不同节点分布较为复杂的重组，宜提前与主管税务机关沟通，降低新旧规则适用及股东范围认定的不确定性。

（一）重组实施前做好方案论证、风险评估与税务沟通

企业拟适用13号公告，应在重组方案设计阶段先行确认交易是否属于59号文规定的企业合并或者企业分立，并整体审查特殊性税务处理适用条件。除居民企业股东持股比例和一致性要求外，合理商业目的、股权支付比例、经营连续性、权益连续性及分步交易等原有规则仍然适用。企业还应结合预计重组日的股权结构，核实股东主体类型、居民身份和持股比例，识别持股比例不低于5%的居民企业股东及前十大居民企业股东，并预先测算达成一致的居民企业股东合计持股比例是否超过50%。

此外，企业宜通过重组协议、专项税务处理协议或股东承诺等文件，明确各方选择的税务处理方式、对应持股比例及后续持股义务。考虑到个别股东转让股权可能导致已适用特殊性税务处理的当事各方均需调整，交易文件还可约定股权转让限制、事前通知、税务影响评估及违约赔偿责任。但上述约定仅属于当事方之间的内部风险分配，不能改变各纳税主体依法承担的申报、纳税和调整义务。

另外，对于交易金额较大、股东类型复杂，或者涉及混合支付、亏损承继、分步交易等复杂问题的重组，可以结合当地税务机关的服务机制开展前置沟通；符合当地税收事先裁定受理条件的，也可以考虑提出申请。

（二）重组实施中统一申报口径并做好资料管理与留存

重组实施过程中，当事各方应持续核对实际交易安排与既定方案是否一致，重点关注股东结构、支付方式、资产负债转移范围、会计处理及工商登记等事项。交易事实发生实质变化的，应及时重新判断是否仍符合特殊性税务处理适用条件。同时，企业应当根据现行规定要求，制作申报时应当附送的各类资料并完善分类管理机制。此外，在重组业务进行过程中，企业应完整留存重组协议、决议文件、合理商业目的说明、资产评估及计税基础资料、会计处理资料，以及重组前连续12个月内相关股权、资产交易情况说明。相关凭证和资料应按照征管规定妥善保管，以备后续核验。

（三）重组后12个月内持续监测股权变动并做好风险处置

企业应在重组后连续12个月内持续监测参与达成一致的居民企业股东持股情况。对于重组日持股比例不低于5%的居民企业股东及前十大居民企业股东，应重点关注其是否转让因重组取得的股权；对于其他参与达成一致的居民企业股东，则应在其拟转让前测算转让后仍然达成一致的居民企业股东合计持股比例是否继续超过50%。对此，企业宜建立股权变动监测和事前通知机制，并提前评估条件失效后可能产生的补税、滞纳金、申报调整及合同责任风险，必要时可以寻求专业机构做好风险应对处置。